Dyrekcja
Główny Inwentaryzator
Główny Konserwator
Działy i Pracownie:
  Dział Epoki Paleolitu i Mezolitu
  Dział Epoki Neolitu
  Dział Epoki Brązu i Wczesnej Epoki Żelaza
  Dział Epoki Żelaza
  Dział Archeologii Bałtów
  Dział Średniowiecza i Archeologii   Czasów Nowożytnych
  Gabinet Numizmatyczny
  Pracownia Antropologiczna
  St pracy ds. Muzealiów Innych
  St pracy ds. Archeologicznych Badań   Ratowniczych
  Stanowisko Pracy ds Promocji i   współpracy z Instytucjami Kultury
  Pracownia Inwentaryzacji i Ruchu   Muzealiów
  Pracownia Dokumentacji Naukowej
  Pracownia Dokumentacji Wizualnej   Muzealiów
Konserwacja
  Dział Konserwacji Muzealiów
  Pracownia Badań i Dokumentacji   konserwatorskiej Muzealiów
  Pracownia Konserwacji Ceramiki
  Pracownia Konserwacji Zabytków Różnych
  Pracownia Kopii
Biblioteka
Dział Wystaw i Popularyzacji
Ośrodek Magazynowo-Studyjny w Rybnie
Główny Księgowy
Zespół Finansowo - Księgowy
Zespół ds. Personalnych i Socjalnych
Zespół Administracyjno - Gospodarczy