1928 r. – 1939 r.
Przez PMA zostały przejęte zbiory archeologiczne zgromadzone przez Państwowe Grono Konserwatorów Zabytków Przedhistorycznych, Muzeum w Rapperswilu, Muzeum Przemysłu i Rolnictwa w Warszawie, Centralę i Oddział Łódzkiego Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego, Towarzystwo Opieki nad Zabytkami Przeszłości, a także część zbiorów prywatnych.

1939 r. – 1944 r.
Okupanci hitlerowscy zrabowali szczególnie cenne zabytki, książki, archiwalia oraz meble. Pozostałe zbiory PMA zostały przeniesione do gmachu Muzeum Narodowego i połączone ze zbiorami Katedry Archeologii Uniwersytetu Warszawskiego, Muzeum im. Erazma Majewskiego i Instytutu Nauk Antropologicznych Towarzystwa Naukowego Warszawskiego.

1945 r. – do chwili obecnej
Przystąpiono do zabezpieczenia ocalałych zbiorów. W ramach akcji rewindykacyjnej udało się odzyskać meble, książki oraz część zabytków /był wśród nich skarb z Boroczyc i inwentarz z grobu książęcego w Łęgu Piekarskim/.
Obecnie w PMA znajdują się zabytki i archiwalia pochodzące z ponad 10000 stanowisk, przede wszystkim z terenu obecnej Polski oraz terenów wchodzących niegdyś w skład państwa polskiego.