Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego wydało w 1923 r. Reskrypt Organizacyjny, który stał się podstawą prawną działalności PMA w stadium organizacji.

Uwieńczeniem procesu tworzenia PMA było rozporządzenie wydane w 1928 r. przez Prezydenta Rzeczypospolitej Ignacego Mościckiego O Państwowym Muzeum Archeologicznym [Dziennik Ustaw  nr 36 z dnia 24.03.1928 r., poz. 346]. Szczegółowe przepisy o organizacji i zakresie działania Muzeum zostały zawarte w Statucie [Monitor Polski nr 129 z dnia 6.06.1928 r., poz.216]. PMA, podległe Ministrowi Wyznań i Oświecenia Publicznego, zostało określone jako państwowy zakład naukowo-badawczy. Jego zadania to badanie prahistorii ziem polskich, konserwacja zabytków przedhistorycznych na obszarze Rzeczypospolitej Polskiej oraz szerzenie wiedzy w dziedzinie archeologii przedhistorycznej przez gromadzenie, opracowywanie i udostępnianie materiałów naukowych. Powstała biblioteka specjalistyczna i Archiwum Naukowe /od 1964 r. Dział Dokumentacji Naukowej, od 2000 r. Pracownia Dokumentacji Naukowej/. W 1936 r. rozpoczęło działalność Stowarzyszenie Przyjaciół Państwowego Muzeum Archeologicznego.

Po zajęciu Warszawy przez wojska hitlerowskie w 1939 r. PMA przemianowano na Staatliches Archäologisches Museum.  
 Po odzyskaniu niepodległości PMA wznowiło działalność naukową i popularyzatorską, prace konserwatorskie oraz badania archeologiczne. Stałą siedzibą PMA został Arsenał Warszawski.  Zostało uruchomione Pogotowie Archeologiczne [1963 r.]. Powołano Radę Muzealną [1968 r.].  Na dziedzińcu Arsenału po raz pierwszy w jego historii zostały przeprowadzone badania wykopaliskowe [1976 r.]. Przystąpiono do założenia katalogu naukowego [1979 r.]. Rozpoczęto przygotowania do komputeryzacji zbiorńw PMA [1988]. PMA wstąpiło do Związku Muzeów Polskich.[1991 r.]. Został powołany Zespół Zarządzania Informacją Muzealną [1995 r. ] i powstał program "Fibula".
W 1998 r. PMA zostało wpisane do Państwowego Rejestru Muzeów pod nr DM - IV/PRM/98.

Od 1 stycznia 1999 r. organem założycielskim dla PMA został Zarząd Województwa Mazowieckiego. Muzeum, posiadające osobowość prawną, stało się samorządową instytucją kultury, wpisaną do rejestru, prowadzonego przez Urząd Marszałkowski Województwa Mazowieckiego pod numerem RIK22/99. Został zatwierdzony Statut PMA, stanowiący załącznik do uchwały nr 22/64/2000 Zarządu Województwa Mazowieckiego z dnia 19.01.2000 r.

W dniu 11 grudnia 2000 r. Zarządzeniem Dyrektora PMA Nr 020/21/2000 został wprowadzony w życie Regulamin Organizacyjny PMA, zatwierdzony Uchwałą Nr 886/110/2000 Zarządu Województwa Mazowieckiego z dnia 7.11.2000 r., w którym zawarta została m.in. struktura organizacyjna Muzeum.

SIEDZIBY PMA
- 1926 r.- dawna Szkoła Podchorążych w Łazienkach Królewskich, ul. Agrykola 9,
- 1940 r. - gmach Muzeum Narodowego,
- 1950 r. - budynek przy ul. Chocimskiej 18,
- 1957 r. - gmach Arsenału, ul. Długa 52.

DYREKTORZY PMA
- doc. dr hab. Roman Jakimowicz - dyrektor PMA w latach 1929 - 1939
- Konrad Jażdżewski - kierownik PMA w okresie II wojny światowej
- Ludwik Sawicki - dyrektor PMA w latach 1945 - 1949
- prof. dr Zdzisław Adam Rajewski - dyrektor PMA w latach 1949 - 1974
- mgr Jerzy Halicki-pełnił obowiązki dyrektora PMA w okresie 1.07-31.10.1974r.
- doc. dr hab. Krzysztof Dąbrowski - dyrektor PMA w latach 1974 - 1979
- dr Jan Jaskanis - dyrektor PMA w latach 1980 - 2001
- dr Wojciech Brzeziński - dyrektor PMA od 2001 r.

ODDZIAŁY PMA
- Nowa Huta [w PMA od 1953 r. do 1955 r.].
- Biskupin [w PMA od 1956 r. do 2000 r.].
- Krzemionki Opatowskie [w PMA od 1968 r. do 1979 r.].
- Rybno [w PMA od 1964 r. do chwili obecnej]